Тем временем, генерал Стивен Кирни и Армия Запада (около 1700 американских солдат) подошли к Санта-Фе в Новой Мексике и заняли город. Кирни затем продолжил движение со значительно меньшим отрядом из 300 драгун вдоль долины реки Гила, через пустыню до Калифорнии, так, что в итоге у него осталось менее 150 человек. Генерал Кирни был дезинформирован рядом американцев, включая своего знаменитого разведчика Кита Сарсона, что калифорнийцы, в основном, трусливы и скорее побегут, чем начнут сражаться. Кирни получил известие, что Андрес Пико и его повстанцы из Южной Калифорнии были поблизости, и предвкушал свою первую настоящую битву в мексиканской войне на севере. На рассвете 6 декабря 1846 года в местечке Сан-Паскуаль генерал Кирни и Армия Запада, пополненная людьми Гиллеспи, вступила в схватку с менее чем 150 калифорнийцами. Калифорнийцы, знаменитые своим искусством верховой езды, легко превосходили американцев, накидывали на них лассо, сваливали с лошадей и волочили до смерти, либо протыкали их длинными калифорнийскими копьями. Арчибальд Гиллеспи был несколько раз ранен, также как и генерал Кирни, которого довольно болезненно укололи копьём. Из 150 американских солдат 18 были убиты и ещё 13 ранены. Битва при Сан-Паскуаль стала решающим поражением американцев, после которого они отказались от захвата Калифорнии.
16 ноября 1846 года состоялась ещё одна битва на ранчо La Natividad. Калифорнийцы под командованием Хоакина де ла Торре захватили американского консула Томаса Оливера Ларкина и удерживали его как военнопленного. Около сотни людей Фримонта, руководимые Блуфордом Томпсоном и Чарльзом Бурруа, встретили отряд из 130 калифорнийцев под командованием Мануэля де Хесуса Касто и Хоакина де ла Торре. Битва продолжалась 20 минут, в течение которых калифорнийцы убили 5 американских солдат, включая капитана Бурруа, и ранили ещё нескольких.